Втыкам флешку в комп и открываем ее (что-бы она примонтировалась), запустили консоль\терминал, запустили МС (команда в консоли mc) , запуститься оболочка по типу Нортоновской, в ней переходите в каталог /home/пользователь чьи настройки надо сохранить, а на второй панели перешли на флешку /media/disk... , можно на флешке создать специальный каталог (в МС это можно по кнопке "F7" ), и копируем на флешку каталоги начинающиеся на точку и с именем соответствующим прогам, настройки которых хотим сохранить. Если надо сохранить настройки нескольких пользователей, то лучше зайти в консоли рута и делать из под него, что-бы не перезаходить разными пользователями в систему.
Можно то же самое проделать из Конкуера или другого файл менеджера, только предварительно включить опцию "Показывать скрытые файлы".
Почему обычно пользуюсь МС - он доступен и в самой минимальной конфигурации , например в режиме без иксов и графики, да и привык к нортоноподобным. 
А резервирование настраивается из ЦУС - там есть специальная вкладка, только надо заранее создать дополнительный раздел на диске, что-бы все архивировалось в него. Почему отдельный - это что-бы при переустановках точно знать, что в нем хранятся резервные копии. Создать такой раздел можно или при инстале системы, назначив ему отдельную точку монтирования или гпартедом в дальнейшем.
