Надо быть очень невезучим, чтобы нарваться на какой-то из немногочисленных вирусов, способных запуститься в Linux. К тому же там не принято переключаться в режим администратора (root) без особой надобности, из-за чего вирусу сложно получить права администратора, без которых реального вреда системе не причинить. Тогда как для Windows написано чудовищное количество вредоносных программ. Причём почти все пользователи работают в Windows с правами администратора, и любой вирус, проникший в систему, перехватывает эти права и без помех вытворяет всё, на что способен. Проблему в значительной мере решают антивирусы. Но если на компьютере установлены обе упомянутые системы, то Linux сам может фактически выполнять роль антивируса для Windows. Основной переносчик компьютерной заразы сейчас — разного рода флэшки (и подобные им устройства — к примеру, встроенная память мобильника). Обычно при подключении флэшки к заражённому компьютеру вирус копируется на флэшку; когда её потом вставляют в другой компьютер, вирус копируется на его винчестер. Но без Windows это невозможно : поскольку почти любой вирус — это программа, написанная под Windows, то без неё он не может запуститься, а значит — и копировать себя куда бы то ни было. Так что в момент подключения флэшки должен быть запущен Linux. Тогда вирус не сможет перелезть ни с компьютера на флэшку, ни наоборот. А чтобы по ошибке не скопировать его вручную, надо копировать именно то, что вам нужно, а не всё содержимое флэшки без разбору.
Освобождать флэшки от заразы тоже лучше из Линукса. Дело в том, что чистить заражённую флэшку из заражённой же Windows — дело зачастую безнадёжное, даже если применять самый радикальный способ — форматирование. Да, непосредственно после форматирования на флэшке действительно ничего нет. Но уже через секунду-другую там может появиться копия сидящего в Windows вируса И вряд ли вы её увидите : обычно файлы вируса скрытые. Тем более что некоторые вирусы отключают в Windows саму возможность отображения скрытых файлов. Вот и получается, что форматирование очистило флэшку от чего угодно, но только не от вируса.
Если же запущен Linux, то видно всё содержимое флэшки, включая файлы, которые в Windows помечены как скрытые. Так что можете всё не спеша просмотреть (особенно — любимый вирусами корневой каталог), исходя из принципа : флэшка — не компьютер, на ней не должно быть ничего такого, что непонятно её владельцу, но нужно для её работы. Если видите файл неизвестного происхождения и назначения — удаляйте. Особое внимание обращайте на исполняемые файлы (программы) Windows (расширения обычно .exe, .bat) — если они появились на флэшке неизвестно откуда, то это наверняка файлы вирусов; не поленитесь записать их названия, прежде чем удалять. Файлы с расширением .inf тоже очень подозрительны (например, широко используемый вирусами autorun.inf). А если желаете просто очистить флэшку, то удалите всё её содержимое; форматировать нет необходимости. Получается, что форматирование флэшек — не такое уж действенное средство против вирусов : в Windows оно часто не срабатывает, а в Linux оно излишне.
Что касается лечения от вирусов самой Windows, то это гораздо сложнее : в дебрях операционной системы вирусам есть где спрятаться. Простой (хотя не всегда надёжный) способ их уничтожения здесь один — антивирус. Так что этого вопроса здесь касаться не буду. Скажу только одно : если пользоваться флэшками (и прочими подобными устройствами) с учётом вышесказанного и не открывать файлы, пришедшие (по электронной почте, например) неизвестно от кого, то вирусам будет очень затруднительно проникнуть в вашу Windows.
Примечание. Потенциально опасен запуск Windows-программ из Линукса (через Wine и подобные программы-переходники). Правда, тут возможности вируса ограничены с разных сторон, и всё же некоторая угроза есть. Я в этот вопрос особо не вникал (тем более, что до самого последнего времени просто не запускал в Линуксе Windows-программы, не было необходимости). А между тем вопрос важный. Может быть, кто-то из посетителей форума его разъяснит? Но одно, по-моему, очевидно : если в вашем Линуксе запущена виндовая программа, то не подключайте к нему в это время флэшки, не проверенные перед тем на вирусы.